DLKcat的conda虚拟环境配置

文章和代码地址

文章链接

https://www.nature.com/articles/s41929-022-00798-z

DLKcat代码

https://github.com/SysBioChalmers/DLKcat/tree/master

所需包及其版本

Required software

• Python v3.7.6 (Anaconda installation recommended)
• PyTorch v1.4.0
• scikit-learn v0.23.2
• Biopython v1.78
• RDKit 2020.09.1
• seaborn v0.11.0
• Matplotlib v3.3.2
• pandas v1.1.3
• SciPy v1.5.2
• NumPy v1.20.2

一些注意事项：

• pytorch v1.4.0版本对于读取某些数据存在问题，因此运行时可能产生错误，建议选择更高版本，使用conda配置完成对一些依赖项的管理
• 实际运行可能缺少一些包，根据实际需要配置即可

具体操作

创建新Conda环境

新建conda虚拟环境命令如下，-n后参数为自定义的环境名称

conda create -n yourenvname python=3.7.6

如下命令激活虚拟环境：

conda activate yourenvname

部分其它命令：

• conda env list

  • 查看所有虚拟环境，“*“标注项为当前激活环境

• conda deactivate&codna activate

  • deactivate为回到base环境，实际带缺省参数即当前环境名称，而activate后不带任何参数作用也为回到base环境，实际有缺省参数base

• conda list

  • 列出当前环境下载的包，list后若带参数为搜索该包并给出安装的包信息（若未安装该包则为空），支持带*的模糊查询

• conda serach package_name

  • 在已有的源中搜索该包

• conda upgrade package_name

  • 升级指定的包

• conda uninstall package_name

  • 卸载指定的包

• conda config --get channels

  • 获取当前配置的所有源

• conda config --add channels certain_channel

  • 添加指定源

• conda config --remove channels certain_channel

  • 删除指定源

安装配置所需包

conda install pytorch scikit-learn=0.23.2 biopython=1.78 rdkit=2020.9.1 seaborn=0.11.0 matplotlib=3.3.2 pandas=1.1.3 scipy=1.5.2 numpy=1.20.2 requests

补充事项：

• pytorch v1.4.0在实验过程中出现版本过低而无法读取某些数据情况，建议不指定1.4.0版本

  • v1.4.0报错信息如下：

  RuntimeError: version_ <= kMaxSupportedFileFormatVersion INTERNAL ASSERT FAILED at /tmp/pip-req-build-sqyrlut3/caffe2/serialize/inline_container.cc:132, please report a bug to PyTorch. Attempted to read a PyTorch file with version 3, but the maximum supported version for reading is 2. Your PyTorch installation may be too old.

• rdkit配置时间较长，请耐心等待

• conda无法成功安装部分包时，可以尝试使用pip安装

  • conda和pip不建议经常混用，否则可能导致包管理/环境混乱的问题

• 其它未在文章中列出的包但是实际需要的，已作出补充